Székelyföldön a reformáció terjedéséről nincsenek adataink, ami valószínű, az az hogy Fráter
György haláláig a többség megmarad katolikus hitben, majd János Zsigmond fejedelem
uralkodása idején terjedt rohamosan az új hit.
Székelykeresztúron a reformáció 1548-1568 között zajlott le, 1548-ban még katolikus, 1568-
ban már unitárius pap volt a városban. Az új hit terjesztője a helységben nagy valószínűséggel
az új pap, Marosi Synnig János, nagy tudású, művelt férfiú, 1568-ban Gyulafehérvárott Dávid
Ferenc és Méliusz Juhász Péter hitvitáinál az egyik jegyzőkönyvvezető. Minden bizonnyal
Dávid Ferenc közvetlen elvbarátainak köréhez tartozott a keresztúri pap.
A főtéri katolikus templom és a hozzá tartozó papilak bizonysora vehető, hogy 1567-68-ban
az unitáriusok kezében volt. Kovács István unitárius történetíró írta: "…hogyha az unitáriusok
az ottani összes lakosságot magukban nem foglalták is már 1568-ban, de a számosabb részt
mindenesetre ők tették, mert különben a templom fenn a városban, az egykori plébánia
tartozékaival nem ment volna át birtokukba, mint átment."
A templomot kb. a XIII. században építették, csak a templom hajójáról lehet szó, a csúcsíves
szentély 1458. évben épült.
Székelykeresztúron az unitáriusok kezdeti életéről kevés írásos emlék maradt fenn, bár az
1606-os kolozsvári zsinat határozata bizonyítja, hogy a székelykeresztúri unitárius
egyházközség a tekintélyesebbek közé tartozott. A határozat kimondja, hogy minden év június
8-án felváltva tartsanak zsinatot Kolozsvárott és Székelykeresztúron. Pontosan, hogy hány
zsinatot tartottak az utóbbi helyt nem tudhatjuk, de a feljegyzések szerint 1608, 1616, 1670,
1700, 1879, 1899, 1946 és 1988-ban volt itt zsinat. A zsinattartást Keresztúrról az 1616-ban
megválasztott lengyel származású püspök, Radeczki Bálint, tette át Küküllő vármegyébe,
hogy közelebb legyen Kolozsvárhoz.
Az öreg templom 1630-ban került át teljesen a reformátusokkal szemben többségben levő
unitáriusok kezébe az 1615-ben és 1630-ban hozott major pars törvény alapján. Addig az
unitáriusok a reformátusokkal közösen használták. Orbán János írta a keresztúri református
egyházközség története feljegyzéseit alapul véve: "Hiteles bizonyítékaink vannak arra nézve,
hogy a mostani katolikus templomot 1630-ig nem külön az unitáriusok, hanem a reformátusok
és unitáriusok közösen használták." A feljegyzés szerint csak a templom volt közös, mindkét
felekezetnek külön birtoka, papja, mestere, asztala és éneklő széke volt. Az ezt követő időkből
csak néhány feljegyzés van az unitáriusok és református viaskodásáról az öreg templomért.
1642 júl. 30-án egy négytagú bizottság a reformátusoknak ítélte az unitáriusok egyik
harangját. Így a megmaradt kisharangot unitárius költségen újra öntették a másik harang
nagyságára "a harangöntés díját, 152 m. forintot keresdi Bethlen Ferenc unitárius főúr fizette
ki."
Ugyanez a bizottság az unitárius egyház birtokát is megosztotta a reformátusokkal fele-fele
arányban.
A János Zsigmond fejedelem ideje alatt fellendülő unitarizmus a későbbiek során egyre
inkább háttérbe került - Sándor János írta: "A külső, világi hatalom nemigen kedvezett az
unitarizmus terjedésének, sőt éppen ellenkezőleg céloztatott. Bethlen Gábor és I. Rákóczi
György az ev. ref. vallás terjesztésében fejtették ki a legnagyobb tevékenységüket." A
székelykeresztúri unitáriusok száma is egyre inkább csökkent. E számbeli csökkenés mellett a
keresztúriak legnagyobb veszteségét Mária Terézia uralkodásának 1767-es esztendeje
jelentette. A főtéri templom elvételét az unitárius történetíró, Nagyajtai Kovács István, a
következőképpen írja le: "Hadik András gróf, erdélyi kir. kormányszéki elnök, erdélyi fő
hadparancsnok rendeletére 1767-ben augusztus 19-dik napján, az emlegetett templom
cintermét előre katonai karhatalom (brachium militare) szállotta meg. Majd egyháziak,
világiak sorakoztak hozzá. Az udvarhelyszéki katolikus esperes papjaival. A szék
kormánybírói s jegyzője. A folytonosan működő törvényszék (continua tábla) ülnökei. S
mindezek szemeláttára, az unitáriusok által mindaddig bírt városi templom, a papi és mesteri
lakok, hozzájok tartozott minden belső, külső javakkal az ekkor Keresztúron igen kevés
számú katolikusok részére elfoglaltattak."
A templom elvételekor az unitáriusok részéről ellenállás nem történt, az anya- és
leányegyházközségekben 109 unitárius család volt, összesen 435 lélek. Az unitáriusok sokáig
kérelmezték Erdély főkormányszékénél, de hiába. Így a maguk erejére támaszkodva, a
veszteségek pótlásához fogtak. Keresztúrfalva déli részén egy tövises-bokros helyen kezdtek
faházat építeni a pap és mester részére. Ebben az időben tilos volt templomot vagy imaházat
építeni legfelsőbb engedély nélkül. Alaptalan vádaskodások miatt 1768. december 1-én jött a
rendelet, amely a papilakot lerontani parancsolta, s ez meg is történt. 200 évvel az unitarizmus
diadalra jutása után a keresztúri unitáriusoknak helyzete több mint elszomorító volt.
1767 után az unitárius hívek a református felekezet testvéri szeretetét érezhették,
istentiszteleteiket ott tartva a református templomban. Többszöri kérelmezés után sem
engedélyezték a templom építését.
…S elérkezett 1781. április hava. Szebb napokra ébredtek a protestáns felekezet hívei. II.
József Türelmi rendelete értelmében templomokat, iskolákat építhettek. a székelykeresztúri
unitáriusok is e rendelet alapján kaptak engedélyt a templomépítésre. Az új templom Árkosi
Raffai Sámuel (1777-99) lelkész ideje alatt épült fel, de a torony félbe maradt. Habár az "öreg
templomhoz" képest az újonnan felépített sokkal közelebb volt a fiatfalvi
leányegyházközséghez, a fiatfalviak egyre gyakrabban kérelmezték a különválást. Az 1799-
ben Kissároson tartott zsinaton kérésüket jóváhagyták és önálló egyházközséggé
nyilvánították, külön pappal.
A keresztúri unitáriusok így számbelileg megfogyatkozva, sőt az 1811-es tűzvész által
vagyonilag is megcsappanva nehezen tudták folytatni a munkálatokat. A tűzvész áldozatává
vált sok unitárius érték, az építkezésre összegyűjtött készpénz, a papilak közelében 41
zömében unitárius gazda ingatlanja.
1824-1841 között id. Péterfi Sándor töltötte be a papi tisztséget. Az ő rátermettségének,
buzgalmának köszönhetően a templom hiányosságait kipótolták és elkészítették a tornyot,
betéve a fa haranglábból a harangokat.
Orbán Balázs templomunkról a következőképpen vall: "Az unitáriusok e templomkája
szerény: nincsen ott semmi, ami régészeti vagy építészeti tekintetből figyelmet érdemelne
[…] e templom mellett van az unitárius gymnasium, a tudományoknak azon tisztelt, nagyra
becsült szentélye, ahol Udvarhelyszék 23000 unitáriusának értelmi bányája van, hol egy
nagyratörő nemzedék szellemi kincseket gyűjt."
Az unitáriusok a templom felépítésénél nem törekedtek díszes külsőségek megvalósítására. A
cél Isten házának a felépítése volt, de minél egyszerűbben, mert anyagi javaikat inkább a
gyerekek és az ifjúság nevelésére áldozták, iskolákat építettek. Azt vallották, egy nép csak
úgy tud felemelkedni, ha műveli a szellemieket, ha az értelmiség nevelésére törekszik. Az
unitáriusok temploma épp oly egyszerű lett, mint életvitelük, szertartásaik. Fehér falaival,
nagy ablakaival a világosságot szolgálta-szolgálja, és ezt kettős értelemben.
A felépítés az unitáriusok áldozatkészségét hirdeti, s erre utal a felirat, amely a templom belső
falán körben a mennyezet alatt áll: "Elvétetvén a székelykeresztúri unitaria ekklézsiától a régi
nagy templom az 1767-ik esztendőben, az új templom Isten segitvén szent neve ditséretes
imádása végett, a felséges császári és királyi kegyes engedelem mellett az 1782-ik
esztendőben kezdett épülni.
- Patakfalvi János kurátorságában vakoltatott meg 1789-ben Patakfalvi Mihály és R. Fazakas
István kurátorságában, tornya pedig félbemaradván a szükös idők voltáért, mennyezete …
készült 1792-ben Horváth Mihály kurátorságában Szenterzsébet… asztalos által.
- A nevezet unitaria ekklézsiát Tks patronus … Isten tisztelete szent háza építésében gerjedező
indulatjukból költségek fáradságokból és több Isten félő hívek segítségek által, de
nevezetesen Felsőboldogfalvi Marosi István úr kegyes életében Sion pusztaságait
fáradhatatlanul ékesítő Jeruzsálem omladozott kőfalait építgető kezeinek segítségéből.
ZsoltCXII vs. 6. Örök emlékezetben lesz az igaz."
A templom központjában a szószék és az úrasztala helyezkedik el, ezáltal jelezve, hogy az
unitáriusoknál az istentisztelet középpontjában a tanító szónoklat áll. a legrégibb érték a
szószékkorona, amelyet 1722-ben készítettek, és az elvett régi templomból, a mai római
katolikus templomból hozták át. A szószékkorona felirata a következő: "Tsináltatta h. sz.
mártoni Bíró József és felesége Bíró Klára 1722. Ujítatott 1874."
Az úrasztala felett a templom mennyezetén is egy felírás olvasható: "Ján. 17 rs. 3. Az pedig az
örök élet, hogy megismerjenek téged egyedül igaz Istent és akit elbocsátottál a Jézus
Krisztust."
A templom építésekor a főbejárat az 1793-ban épített unitárius gimnázium felől volt. Később
ezt a bejáratot befalazták, és ide helyezték el az I. Világháború áldozatainak emléktábláját.
Az orgonát - ifj. Péterfi Sándor lelkészsége alatt, a hívek adományából és a diákok
gyűjtéséből - 1844-ben készítették. Oly tetemes összeg gyűlt be, hogy a meglévő két karzat
mellé még egyet felállítottak az orgona számára, s a templom falán két ablakot nyitottak. A
későbbiekben az orgonát 1929-ben és 2000-ben javították. Ifj. Péterfi Sándor lelkész egyházi
beszédei is által beírta nevét az egyházi irodalom történetébe.
A torony 1841-re készült el, a benne lévő harangokról feljegyzés nem maradt ránk. A
harangok az I. Világháború áldozatául estek, mint oly sok más értékes harang. Jelenleg ez
egyházközségnek két harangja van. A korábban készült harang felirata: "Az 1914-évben kitört
világháborúban elrekvirált harangja helyett a székelykeresztúri unitárius egyházközség az
egyesek adományából 1921. dec. hóban 32694 lejért, az egy igaz Isten tiszteletére."
A későbbi harangot Nagyszebenben öntötték, és a következőt írták rá: "A székelykeresztúri
unitárius Nőszövetség és egyházközség tagjainak adományaiból öntetett, az elrepedt harang
helyébe 1938-ban." Orbán János könyvében megjegyzi, hogy a harangért kifizetett összeg
tojásadományokból gyűlt össze. A templomot Barabás Lajos lelkipásztor idejében
megnagyobbították és vásároltak hozzá 47 hold birtokot. 1909-ben Lőrinczi István
lelkészsége alatt épült a templom tőszomszédságában egy új, modern papi lakás.
Az eltelt időben a templomot többször javították, így 1950-ben a megrongálódott két karzatot
lebontották. A legnagyobb külső és belső javítás 1980-81 között valósult meg Báró József
esperes-lelkész irányításával. A lelkész vezetésével és a hívek adományai által napról-napra
szebbé varázslódott a székelykeresztúri templom, tükrözve motívumaiban székely
mivoltunkat. 1980-81-ben udvarhelyszéki motívumokkal díszítették a karzat és az első padok
homlokzatát, majd 1988-ban a mennyezet kazettáit; a lelkészi lakás gyülekezeti teremmel
bővült; udvarhelyszéki szőttesek kerültek a szószékre és az úrasztalára, és 1993-ban elkészült
a bejárati székely kapu "Egy az Isten" felirattal. A templomban a nők és a férfiak padsora fölé
három darab faragott templomcsillár került 1982-ben három család adománya által. 1996
húsvét másodnapján avatták fel a szószék mellé felszerelt fekete márványtáblát a magyar
honfoglalás 1100. évfordulója emlékére. A táblán, hasonlóan a szószékhez az unitáriusok
címere látható, amely Jézus tanítására utal "legyetek tehát okosak, mint a kígyók, és szelídek,
mint a galambok."

1989, a diktatúra sötét évei után, templomunkba is besütött a fény. Ennek hatására újra
alakulhatott - a majdnem fél évszázadra befagyasztott - Dávid Ferenc Egylet, Dávid Ferenc
Ifjúsági Egylet és a Nőszövetség.
A változások kedvezően befolyásolták a határon túl élő unitáriusokkal való érintkezést is. Így
a határsorompók "felemelésével" felújultak és kiszélesedtek a kapcsolatok, létrejött a
Concord-i unitárius-univerzalista egyházközséggel a testvérkapcsolat.
…És elérkezett a 2000. év.
A templomunk ünnepek alkalmával egyre inkább "szűkebbnek" bizonyult.
Így Szombatfalvi József esperes-lelkész irányítása, a hívek és az Concord-i
testvéregyházközség adományai által 2000. tavaszán elkészült a nők padsora fölé az új karzat.
Jelenleg a torony frissen festve nyúlik a magasba. A templom előtt egy kis park, középen
kopjafa. MILLENNIUM. Ez a kopjafa a múltat idézi! Múltunkat, mert ha nem ismerjük azt,
nem építhetjük a jövőt. Emlékeztet az államalapításra, és a kereszténység felvételére.
Megidézi őseinket, akik vállalva az áldozatot templomot és iskolát építettek; lelkészeinket,
akik minden körülmények között megmaradtak híveik vezetőjének, vallási és nemzeti
tudatunk erősítőjének, s akik "élete a leghathatósabb igehirdetés, a leggyőzelmesebb apológia
s a legszebb illusztráció."

Az egyházközség a 2000 évek közepén tervezte el az Orbán Balázs út 12, és 16 szám alatti ingatlanok teljes felújítását és átalakítását. Ennek eredményeként 2008-ban, és 2012-ben adták át a két felújított ingatlant, melyekben jelenleg vendégházként működnek, illetve egyházközségi iroda, ifjúsági terem működik, illetve az egyházközség közösségi életének, és a város különböző rendezvényeinek is helyet adó helyiségeket alakítottunk ki.
A 2011-es zsinatra készülve, a templom felújítás rendjén márványtáblákat helyeztek el a férfiak padsora mögötti falra, ahol három nyelven olvasható az egyházközség története.
2018-ban megünnepeltük a Magyar Unitárius Egyház, és a Székelykeresztúri Unitárius Egyházközség fennállásának 450. évfordulóját, amikor a templom Nyugati bejáratához egy portikuszt építettünk, a templom falára emléktáblát helyeztünk el, és átadtuk az 1855-ben készített, és teljesen felújított orgonát. A portikusz építésének költségeit a Magyar Állam támogatta, míg az orgona felújítását a Hargita Megye Tanácsa. A felújítást Pap Zoltán, székelyudvarhelyi orgonaépítő végezte. A felújítás során kiderült, hogy az orgonát Schneider József készítette, amely aztán több változtatáson, felújításon esett át azóta. Jelenleg a karzatból lehozva, a szentély déli részében van felállítva. 2019- ben a templom fűtését szintén a Hargita Megye Tanács pályázati támogatásával felújítottuk, megpótolva még egy hőbefúvóval a hatásfok növelése érdekében. Az egyházközség lélekszáma 2019. december 31-én 2650 főből állt.